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domingo, 6 de mayo de 2012

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Splicing alternativo
El splicing alternativo (alternative splicing en inglés) o empalme alternativo permite obtener a partir de un transcrito primario de mRNA o pre-ARNm distintas moléculas de mRNAmaduras. Este proceso ocurre principalmente en eucariotas, aunque también puede observarse en virus.
Introducción
Al transcribirse el ADN a ARNm se obtiene un transcrito primario de ARN o pre-ARNm que incluye intrones y exones. Para que este pre-ARNm de lugar a un ARNm debe sufrir un proceso de maduración del ARNm, que consiste, básicamente, en eliminar todos los intrones. Sin embargo los intrones y exones no siempre están determinados durante el proceso de ayuste. La selección de los sitios de ayuste es llevado a cabo por residuos de serina/arginina de ciertas proteínas conocidas como proteínas SR.
Tipos de splicing alternativo
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Ilustración que recoge los cuatro tipos de Splicing alternativos posibles.
(a) Selección de promotores alternativos: este es el único método que da lugar a un dominio N-terminalalternativo. En este caso, cada promotor puede dar lugar a un juego de exones diferentes.
(b) Selección de sitios de poliadenilación alternativos: este es el único método que da lugar a un dominio C-terminal alternativo. En este caso, cada sitio de poliadenilación puede dar lugar a un juego de exonesdiferentes.
(c) Retención de intrones: en este caso en lugar de ayustar los intrones, estos son retenidos en el transcrito. Este intrón puede expresarse, dar lugar a un codón de parada o cambiar la pauta de lectura.
(d) Splicing de exones(exon splicing): en este caso ciertos exones son sujetos a splicing fuera.
Importancia en genética molecular
El splicing alternativo invalida la vieja teoría “un gen una proteína”, siendo por tanto necesario información externa para decidir que polipéptido será sintetizado. Al mismo tiempo este sistema permite almacenar la información de forma más económica. Así, por ejemplo, este sistema permite obtener varias proteínas a partir de una única secuencia de ADN.
Algunos investigadores han sugerido que este sistema permitiría obtener nuevas proteínas cambiando los mecanismos de regulación. También se ha sugerido que este sistema permitiría una evolución más rápida.
Existe una creencia que afirma que los sitios alternativos de splicing son responsables de la complejidad de los humanos; afirmando que los genes humanos tienen más sitios alternativos de splicing. Sin embargo un estudio de David Brett y colaboradores1 afirma que no existen diferencias significativas entre el número de sitios de splicing alternativos de humanos con otros animales. Actualmente el récord de sitios alternativos de splicing lo tiene el gen Dscam de Drosophila con 38.000 variantes de splicing.

 

 

 

 

Splicing de ARN

El splicing de ARN o empalme de ARN (del inglés RNA splicing) es un proceso post-transcripcional de maduración del ARN del cual eliminan ciertos fragmentos secuenciales. Este proceso es muy común en eucariotas, pudiéndose dar en cualquier tipo de ARN aunque es más común en el ARNm. También se ha descrito en el ARNr y ARNt de procariotas ybacteriófagos. Normalmente consiste en eliminar los intrones del transcrito primario y posteriormente unir los exones; aunque existen otros tipos de ajuste donde se eliminan exones y/o retienen intrones (véase splicing alternativo).
Ilustración del proceso de splicing desde pre-ARN a ARN.

Rutas de splicing

En la naturaleza existen diversos métodos de splicing del ARN. El mecanismo de splicing depende de la estructura del fragmento de ARN que pasará por este proceso.

Spliceosoma

El Spliceosoma es un complejo formado por cinco ribonucleoproteínas nucleares pequeñas o snRNP (complejo formado por unas diez proteínas más una pequeña molécula de ARN). ElARN de los snRNP es el encargado de reconocer el intrón. Se han identificado dos tipos de spliceosomas, el mayor y el menor[cita requerida], cada uno de los cuales contiene diferentes tipos de snRNP.
Spliceosoma mayor
Esta formado por los snRNP U1, U2, U4, U5 y U6. Reconoce la secuencia consenso GU (Guanina-Uracilo) del extremo 5’ del intrón así como la secuencia consenso AG del extremo 3’. El 99% de los intrones lo hacen a través de este mecanismo.
§  Complejo E: U1 se une a la secuencia consenso GU del extremo 5’ del sitio de corte del intrón, junto con las proteínas accesorias ASF/SF2, U2AF, SF1/BBP.
§  Complejo A: U2 se une al sitio de ramificación e hidroliza ATP. El sitio de ramificación se sitúa a una distancia de 20-40 nucleótidos del extremo 3’ del intrón y en él se localiza la secuencia consenso CURAY.
§  Complejo B1: U5, U4 y U6 trimerizan, y U5 se une al exón 5’ y U6 a U2.
§  Complejo B2 – U1 es liberado, U5 pasa del exón al intrón y U6 se une al extremo 5’ del sitio de corte.
§  Complejo C1: U4 es liberado, U5 se une al sito de empalme del extremo 3’ del exón, U6 y U2 catalizan la reacción de transesterificación y el extremo 5’ del intrón es cortado; como resultado se forma una estructura en lazo característica denominada lariat.
§  Complejo C2: el extremo 3’ del intrón es cortado lo que provoca la liberación del lazo de ARN. A continuación los exones son ligados, lo que conlleva gasto de ATP. Por último, el complejo se disocia.
Spliceosoma menor
Es similar al Spliceosoma mayor aunque los intrones eliminados mediante este mecanismo son escasos, y además presentan diferencias en los sitios de corte y empalme. También se diferencian en las secuencias consenso reconocidas, que en este caso son AU y AC para los extremos 3’ y 5’, respectivamente. Además, salvo la partícula snRNP U5, el resto son análogos funcionales denominadas U11 (análogo funcional de la U1), U12 (U2), U4atac (U4) y U6atac(U6).
Splicing en trans
También se puede denominar transempalme o empalme en trans. Consiste en el empalme de exones de dos transcritos primarios distintos, con la consiguiente formación de un ARN híbrido.

Autosplicing

Corte y empalme en el que el propio intrón actúa como catalizador en su eliminación, por lo que no se requiere de proteínas. Cuando un fragmento de ARN tiene actividad catalítica se le denomina ribozima. Para que el mecanismo de autosplicing sea preciso se requiere de la hidrólisis de ATP. Existen dos tipos de intrones que actúan como ribozimas, los intrones del grupo I y los del grupo II. La similitud en el mecanismo de corte y empalme de estos intrones y el spliceosoma sugiere que probablemente evolucionaron juntos aunque también se ha propuesto que el autosplicing surgió durante el mundo de ARN.
Ilustración del mecanismo bioquímico del autoayuste.

Intrones del grupo I
§  El grupo OH 3’ de un nucleósido libre de guanina o del propio intrón o un cofactor (GMP, GDP o GTP) ataca al fosfato del sitio de corte 5’. Lo que da lugar al corte del intrón por su extremo 5’ y a la formación del lariat (estructura en lazo).
§  El grupo OH 3’ del exón lleva a cabo un ataque nucleofílico contra el extremo 3’ del intrón, lo que origina su corte y la liberación de la estructura en lazo.
§  Los exones son unidos.
Intrones del grupo II
§  El grupo OH 2’ de una adenosina específica del intrón ataca el sitio de corte 5’, originando la estructura en lazo (lariat).
§  El grupo OH 3’ del exón lleva a cabo un ataque nucleofílico contra el extremo 3’ del intrón, lo que origina su corte y la liberación de la estructura en lazo.
§  Los exones son unidos.

Splicing de ARNt

Es un mecanismo de corte y empalme poco usual que se observa en ARNt. El mecanismo involucra diferentes rutas bioquímicas como la splceosomal y el autosplicing.

Errores en el Splicing

Las mutaciones pueden afectar a los sitios de splicing, lo que puede influir sobre la síntesis proteica de distintas formas:
§  Pérdida del sitio de splicing: puede originar la aparición prematura de un codón de stop, la pérdida de un exón o la inclusión de un intrón.
§  Reducir la especificidad: puede variar la localización del sitio de splicing, lo que origina la inserción o deleción de aminoácidos o la pérdida de la pauta de lectura.
§  Transposición del sitio de splicing: origina la inserción o deleción de ARN, lo que origina cadenas de ARN más cortas o largas.

Splicing alternativo

El splicing alternativo permite obtener a partir de un transcrito primario de ARN distintas moléculas de ARN maduras. Este proceso ocurre principalmente en eucariotas aunque también puede observarse en virus. Para más información consultar el artículo principal: Splicing alternativo.



Splicing
Al hablar de splicing, también llamado corte y empalmeempalme o ajuste podemos referirnos a:
1.   Splicing de ARN: Es un proceso co-transcripcional de corte y empalme de ARN. Este proceso es muy común en eucariotas, pudiéndose dar en cualquier tipo de ARN aunque es más común en el ARNm. También se ha descrito en el ARNr y ARNt de procariotas y bacteriófagos.
2.   Splicing de proteínas: Es un proceso post-traduccional de corte y empalme de una proteína precursora. Este proceso conlleva la eliminación de una secuencia de aminoácidosde la cadena polipeptídica para originar una proteína madura.
3.   Splicing de ADN: Proceso que consiste en la unión covalente de dos fragmentos de ADN bicatenario, catalizado por una ligasa de ADN..


BIBLIOGRAFIA:


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